Các chiến dịch tiếp nối nhau từ tháng 8 năm 1942 đến đầu năm 1944 đã đẩy lui quân Nhật khỏi nhiều căn cứ trên các đảo tại Nam và Trung Thái Bình Dương, đồng thời cô lập nhiều căn cứ khác, đáng kể là ở quần đảo Solomon, quần đảo Bismarck, quần đảo Admiralty, New Guinea, quần đảo Marshall và đảo Wake. Đến tháng 6 năm 1944, một loạt các cuộc đổ bộ được hỗ trợ bởi Lực lượng Đặc nhiệm tàu sân bay nhanh của Đệ Ngũ hạm đội đã chiếm được hầu hết quần đảo Mariana (có bỏ qua Rota). Việc này đã phá vỡ vành đai chiến lược phòng thủ bên trong của Nhật Bản, chiếm được căn cứ mà máy bay ném bom chiến lược B-29 Superfortress có thể xuất phát để tấn công các đảo chính quốc Nhật. Trong cuộc phản công thất bại của Nhật ở Trận chiến biển Philippine, Hải quân Mỹ đã đánh chìm ba tàu sân bay, làm hư hại nhiều tàu chiến khác và tiêu diệt khoảng 600 máy bay Nhật, khiến Hải quân Nhật hầu như không còn lực lượng không quân trên tàu sân bay và phi công có kinh nghiệm.[2]

Về kế hoạch hành động tiếp theo, Đô đốc Ernest J. King và các thành viên khác của Hội đồng Tham mưu trưởng Liên quân Hoa Kỳ thiên về giải pháp cô lập lực lượng Nhật tại Philippines và tấn công vào Đài Loan, cho phép lực lượng Mỹ và Úc kiểm soát được những con đường vận chuyển hàng hải giữa Nhật Bản và Đông Nam Á. Đại tướng Lục quân Douglas MacArthur thì bênh vực cho một cuộc tấn công vào Philippines, vốn cắt ngang con đường tiếp tế chiến lược của Nhật Bản. Để lại Philippines trong tay quân Nhật sẽ là một đòn đánh vào thanh thế của Mỹ và là một sự sỉ nhục vào danh dự cá nhân của MacArthur, khi vào năm 1942 ông đã phát biểu câu nói nổi tiếng: "Tôi sẽ trở lại". Nhiều sĩ quan cao cấp khác bên ngoài Hội đồng Tham mưu trưởng Liên quân, bao gồm Đô đốc Chester W. Nimitz, cũng cho là lực lượng không quân đáng kể mà người Nhật tập trung tại Philippines là quá nguy hiểm để có thể bỏ qua. Tuy nhiên, Nimitz và MacArthur ban đầu có những kế hoạch trái ngược nhau, trong đó kế hoạch của Nimitz nhấn mạnh vào việc tấn công Đài Loan, vì việc này cũng có thể làm cắt đứt đường tiếp vận đến Đông Nam Á. Đài Loan còn có thể được sử dụng làm bàn đạp để tấn công Trung Quốc lục địa, điều mà MacArthur cảm thấy không cần thiết. Một cuộc gặp gỡ tay ba diễn ra giữa MacArthur, Nimitz, và Tổng thống Roosevelt đã giúp xác định Philippines là mục tiêu chiến lược, nhưng để ngỏ quyết định cuối cùng về thời hạn sẽ tấn công Philippines. Cuối cùng Nimitz thay đổi ý kiến và đồng ý theo kế hoạch của MacArthur.[3][4]

Có lẽ sự cân nhắc quan trọng cuối cùng đưa đến việc loại bỏ kế hoạch Đài Loan-Trung Quốc, như được Đô đốc King và những người khác khởi xướng, là việc tấn công Đài Loan đòi hỏi phải huy động khoảng 12 sư đoàn Lục quân và Thủy quân Lục chiến, một lực lượng vượt quá khả năng mà Mỹ có thể cung ứng được cho cả mặt trận Thái Bình Dương vào cuối năm 1944, trong khi toàn bộ Lục quân Úc còn phải đang tiếp chiến tại quần đảo Solomon, New Guinea, Đông Ấn thuộc Hà Lan và trên nhiều hòn đảo khác tại Thái Bình Dương. Một điều kiện chỉ có thể đáp ứng được sau khi Đức thua trận để có thể dành ra nhiều lực lượng hơn từ châu Âu.[3]

Cuối cùng thì lực lượng của tướng MacArthur được cho phép đổ bộ lên đảo Leyte thuộc miền Trung Philippines. Lực lượng tấn công đổ bộ và hải quân hỗ trợ gần sẽ do Đệ Thất hạm đội, dưới quyền chỉ huy của Phó Đô đốc Thomas C. Kinkaid, đảm trách. Đệ Thất hạm đội lúc bây giờ bao gồm các đơn vị của Hải quân Hoa Kỳ, Hải quân Hoàng gia Úc, bao gồm các tàu tuần dương hạng nặng thuộc lớp County HMAS Shropshire và HMAS Australia cùng tàu khu trục HMAS Arunta, và có thể có một ít tàu chiến của New Zealand hoặc của Hà Lan.

Đệ tam hạm đội, dưới quyền chỉ huy của Đô đốc William F. Halsey, Jr., trong đó Lực lượng Đặc nhiệm TF 38 (lực lượng đặc nhiệm tàu sân bay nhanh), dưới quyền chỉ huy của Phó Đô đốc Marc Mitscher là thành phần chủ lực, sẽ hỗ trợ từ xa cho cuộc tấn công này.

Thiếu sót căn bản và nghiêm trọng của kế hoạch này là đã không có sự chỉ huy chung cho lực lượng hải quân Mỹ. Việc thiếu một sự chỉ huy thống nhất, cộng với việc không thông tin đầy đủ, đã tạo ra một tình huống nguy cấp mà suýt nữa đã trở thành tai họa lớn cho lực lượng Mỹ.[2][3] Do trùng khớp ngẫu nhiên, kế hoạch của Nhật Bản sử dụng ba hạm đội riêng biệt cũng không chỉ định một vị tổng tư lệnh chung.

Các dự tính của Mỹ cũng không quá xa lạ đối với Hải quân Đế quốc Nhật Bản. Tư lệnh Hạm đội Liên hợp Nhật Bản Soemu Toyoda đã chuẩn bị bốn kế hoạch "chiến thắng": Shō-Gō 1 (tiếng Nhật: 捷１号作戦, Shō ichigō sakusen) là một chiếc dịch hải quân lớn tại Philippines, trong khi các kế hoạch Shō-Gō 2, Shō-Gō 3 và Shō-Gō 4 là nhằm đáp trả các cuộc tấn công tương ứng nhắm vào Đài Loan, đảo Ryukyu và quần đảo Kuril. Những kế hoạch này là những chiến dịch tấn công phức tạp, huy động hầu như toàn bộ lực lượng có được vào một trận chiến quyết định, và do đó có thể làm tiêu hao lượng nhiên liệu dự trữ ít ỏi của Nhật.

Từ ngày 12 tháng 10 năm 1944, Đệ Tam hạm đội của Đô đốc Halsey bắt đầu một loạt các cuộc không kích bằng máy bay trên tàu sân bay xuống Đài Loan và quần đảo Ryukyu, nhằm ngăn ngừa việc máy bay đặt căn cứ tại đây có thể ngăn trở việc đổ bộ xuống Leyte. Bộ chỉ huy Nhật liền áp dụng kế hoạch Shō-Gō 2, tung ra các đợt không kích chống lại các tàu sân bay của Hạm đội 3. Trong cuộc chiến ác liệt đó, Nhật Bản bị thảm bại với thiệt hại 600 máy bay trong vòng ba ngày, hầu như toàn bộ sức mạnh không lực của khu vực. Sau khi lực lượng Mỹ bắt đầu tấn công Philippines, Hải quân Nhật chuyển sang thực hiện kế hoạch Shō-Gō 1.[2][3]

Kế hoạch Shō-Gō 1 sử dụng các tàu chiến của Phó Đô đốc Jisaburō Ozawa, dưới tên gọi "Lực lượng phía Bắc", sẽ nhử lực lượng hạm đội yểm trợ chính của Mỹ ra khỏi Leyte. "Lực lượng phía Bắc" bao gồm nhiều tàu sân bay, nhưng chỉ có rất ít máy bay hoặc phi công được huấn luyện đầy đủ. Những chiếc tàu sân bay hoạt động như là những con mồi, và sau khi lực lượng yểm trợ đã được kéo ra xa, hai lực lượng tàu nổi khác sẽ hướng đến Leyte từ phía Tây. "Lực lượng phía Nam" của các Đô đốc Nishimura và Shima sẽ tấn công vào khu vực đổ bộ ngang qua eo biển Surigao. "Lực lượng Trung tâm" của Đô đốc Kurita, là lực lượng tấn công hùng mạnh nhất, sẽ băng qua eo biển San Bernardino vào biển Philippine, hướng về phía Nam để cùng tấn công vào khu vực đổ bộ.[2][3]

Kế hoạch này dường như sẽ mang lại hậu quả bị tiêu hao một hoặc nhiều lực lượng tấn công, nhưng sau này Đô đốc Toyoda đã giải thích cho những người Mỹ thẩm vấn ông như sau: